С площадки № 31 космодрома Байконур 6 декабря 2019 года в 12:34:11 мск стартовала ракета-носитель «Союз-2.1а» с грузовым кораблём «Прогресс МС-13». Зафиксировано штатное раскрытие антенн и панелей солнечных батарей.

После отделения «грузовика» от третьей ступени носителя специалисты Главной оперативной группы управления полётом российского сегмента Международной космической станции (МКС) приступили к управлению его полётом.

Сближение грузового корабля «Прогресс МС-13» с МКС и причаливание к стыковочному отсеку «Пирс» планируется проводить в автоматическом режиме под контролем специалистов ЦУП и российских членов экипажа — космонавтов Роскосмоса Александра Скворцова и Олега Скрипочки. Стыковка запланирована на 9 декабря 2019 года в 13:38 мск. Прямая трансляция будет доступна на сайте Роскосмоса в разделе «Онлайн трансляции».

Корабль доставит на Международную космическую станцию запасы топлива и газов общей массой 700 кг, а также 1 350 кг различного оборудования и грузов, включая ресурсную аппаратуру бортовых систем управления и жизнеобеспечения, приборы для проведения научно-исследовательских экспериментов, санитарно-гигиенические материалы и средства медицинского контроля, 420 литров воды в баках системы «Родник» и стандартные рационы питания.